Performance of the tetra-primer PCR technique compared to PCR-RFLP in the search for rs12979860 (C/T) and rs8099917 (T/G) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IFNL4 gene / Desempenho da técnica tetra-primer PCR em relação a PCR-RFLP na pesquisa de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) rs12979860 (C/T) e rs8099917 (T/G) no gene IFNL4

Single nucleotide polymorphisms (SNPs, rs12979860 e rs8099917) in the Interferon Lambda 4 gene (IFNL4, formerly IFNL3and/or IL28B) has been associated with failure in the innate immune response, sustained virological response in hepatitis C, and HTLV-1-associated myelopathy (HAM) development. To search for these polymorphisms several methodologies can be employed, such as sequencing, real-time or quantitative polymerase chain reaction (qPCR), restriction fragment length polymorphism analysis in PCR products (PCR-RFLP), and tetra-primer PCR. The present study compared the performance of the tetra-primer PCR in relation to the PCR-RFLP, both optimized in the Research HTLV Laboratory of the Center of Immunology of Instituto Adolfo Lutz in São Paulo. One hundred DNA samples obtained from patients of STD/Aids Reference Centre in São Paulo, previously analyzed for IL28B SNPs by PCR-RFLP were selected for analysis, after confirming that they represent all IL28B SNPs patterns described in the literature. The results obtained showed concordance between the PCR-RFLP and the tetra-primer PCR SNPs results, and because of the low cost, easy to perform, and minor employment of biological specimen and reagents, the tetra-primer PCR is of choice to be used in routine. (AU)

Polimorfismos de nucleotídeos únicos (single nucleotide polymorphisms, SNPs rs12979860 e rs8099917) no gene que codifica o Interferon Lambda 4 (IFNL4, antigamente IFNL3 e/ou IL28B) têm sido associados às falhas na resposta imune inata e resposta virológica sustentada na hepatite C, e a mielopatia associada ao HTLV-1 (HTLV-1-associated myelopathy, HAM). A pesquisa destes polimorfismos pode empregar diversas metodologias: sequenciamento, reação em cadeia da polimerase em tempo real ou quantitativa (quantitative polymerase chain reaction, qPCR), análise de fragmentos de restrição enzimática em produtos de PCR (restriction fragment length polymorphism in PCR products, PCR-RFLP) e a tetra-primer PCR. Este estudo comparou o desempenho da tetra-primer PCR em relação a PCR-RFLP, ambas otimizadas no Laboratório de Pesquisa em HTLV do Centro de Imunologia do Instituto Adolfo Lutz de São Paulo. Foram selecionadas 100 amostras de DNA obtidas de pacientes do Centro de Referência e Treinamento em DST/Aids de São Paulo cujos SNPs na IL28B foram anteriormente determinados por PCR-RFLP e representaram todos os perfis descritos em literatura. Os resultados obtidos mostraram concordância entre elas, e pelo fato da tetra-primer PCR ter menor custo, ser de fácil execução, empregar menos tempo, insumos e material biológico, é a técnica de escolha para uso em rotina. (AU)

Polymorphism in cytolytic pathway genes in patients with pediatric inflammatory multisystemic syndrome temporally associated with SARS-CoV-2 / Polimorfismos em genes da via citolítica em pacientes com síndrome inflamatória multissistêmica pediátrica temporariamente associada ao SARS-CoV-2

Introduction: Pediatric inflammatory multisystem syndrome temporally associated with SARS-CoV-2 (PIMS-TS) is a systemic hyperinflammatory disease that occurs in a small number of children after being infected with SARS-CoV-2. Macrophage activation syndrome, an aggressive condition characterized by the excessive inflammation and activation of well-differentiated macrophages, has been shown to occur in patients infected by SARS-CoV-2. Considering the clinical and pathophysiological similarities between these diseases, our main objective was to determine whether gene polymorphisms associated with macrophage activation syndrome were also present in patients with PIMS-TS. Methods: DNA from 10 pediatric patients with PIMS-TS (case group) and ten COVID-19 patients without PIMS-TS (control group) were genotyped by Real-time PCR analysis (TaqMan®) for single nucleotide polymorphisms (SNP) in four genes associated with macrophage activation syndrome: perforin 1 (PRF1), granzyme B (GZMB), syntaxin 11 (STX11), and syntaxin binding protein 2 (STXBP2). The SNP analysis was performed using the additive, dominant, and recessive models. Results: A significantly higher frequency of an SNP (C wild allele in rs6573910) in the GZMB gene was observed in both the additive and dominant models in the PIMS-TS group than controls. A borderline significant difference was also observed for the G allele in rs7764017 of the STX11 gene in the PIMS-TS group in the additive model. Conclusions: This study indicated the presence of two polymorphisms in genes associated with macrophage activation syndrome (GZMB and STX11) in patients who developed PIMS-TS. If the presence of these SNPs is validated in a larger number of PIMS-TS cases, they can be used as potential biomarkers for early identification of pediatric patients with a higher probability of developing PIMS-TS associated with SARS-CoV-2 infection.

Introdução: A síndrome multissistêmica inflamatória pediátrica temporariamente associada ao SARS-CoV-2 (SIMP-TS) é uma doença hiperinflamatória sistêmica que ocorre em um pequeno número de crianças após serem infectadas pelo SARS-CoV-2. A síndrome de ativação de macrófagos (SAM), uma condição agressiva caracterizada pela inflamação excessiva e ativação de macrófagos bem diferenciados, demonstrou ocorrer em pacientes infectados por SARS-CoV-2. Considerando as semelhanças clínicas e fisiopatológicas entre essas doenças, neste estudo o nosso principal objetivo foi determinar se polimorfismos gênicos associados à SAM também estavam presentes em pacientes com SIMP-TS. Métodos: DNA de dez pacientes pediátricos com SIMP (grupo caso) e dez pacientes COVID-19 sem SIMP (grupo controle) foram genotipados por análise de PCR em tempo real (tecnologia TaqMan®) para polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em quatro genes selecionados associados com SAM: perforina 1 (PRF1), granzima B (GZMB), sintaxina 11 (STX11) e proteína de ligação de sintaxina 2 (STXBP2). A análise dos SNPs foi realizada utilizando o modelo aditivo, dominante e recessivo. Resultados: Uma frequência significativamente maior de um SNP (alelo selvagem C em rs6573910) no gene GZMB foi observada pelos modelos aditivo e dominante no grupo SIMP quando comparado aos controles. Além disso, uma significância limítrofe foi observada para o alelo G em rs7764017 do gene STX11 no grupo SIMP pelo modelo aditivo. Conclusões: Nosso estudo indicou a presença de dois polimorfismos em genes associados à SAM (GZMB e STX11) em pacientes que desenvolveram SIMP-TS. Uma vez validada a presença desses SNPs em um número maior de casos de SIMP-TS, eles podem ser usados como potenciais biomarcadores para a identificação precoce de pacientes pediátricos com maior probabilidade de desenvolver SIMP-TS associado à infecção por SARS-CoV-2.

Polimorfismo no gene PNPLA3 e o consumo de carne vermelha aumentam o risco de fibrose em pacientes com DHGNA comprovado por biópsia em acompanhamento médico em um centro terciário no Sudoeste do Brasil / Pnpla3 gene polymorphism and red meat consumption increased fibrosis risk in nash biopsy-proven patients under medical follow-up in a tertiary center in southwest brazil

ABSTRACT Background: Recent studies show an increase in nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) in populations with higher consumption of red meat, processed and cooked at high temperatures. On the other hand, the single nucleotide polymorphism rs738409 in the Patatin-like phospholipase domain containing 3 (PNPLA3) gene has been implicated in susceptibility to NAFLD and liver fibrosis. However, the synergistic effect between red meat consumption and the PNPLA3 gene polymorphism in NAFLD has not yet been evaluated. Objective: To evaluate the association between the presence of the polymorphism in the PNPLA3 gene and the consumption of macronutrients, including meat consumption and its cooking method among NAFLD patients. Methods: This was a cross-sectional study with 91 patients diagnosed with NAFLD by liver biopsy with genotyping for the polymorphism in the PNPLA3 gene were included. The consumption of calories and macronutrients was verified using the semi-quantitative food frequency questionnaire and the specific questionnaire on meat consumption. PNPLA3 gene polymorphism was analyzed by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) and anthropometric evaluation was realized. Results: The mean BMI was 32.38±4.58 kg/m² and the waist circumference was 107±10 cm. On liver biopsy, 42% of patients had significant fibrosis (F≥2). The odds ratio of F≥2 was 2.12 for the GG group and 1.54 for the CG group, compared to the CC group. The mean caloric intake was 1170±463.20 kcal/d. The odds ratio in the CC group concerning high red meat consumption in comparison to low consumption was 1.33. For white meat, the odds ratio was 0.8 when comparing high and low intake, also in the CC group. Conclusion: High red meat intake and PNPLA3 gene polymorphism seem to synergistically affect NAFLD and liver fibrosis, requiring confirmation in a larger number of patients and in different populations.

RESUMO Contexto: Estudos recentes mostram um aumento da doença hepática gordurosa não alcoólica (DHGNA) em populações com maior consumo de carne vermelha, processada e cozida em altas temperaturas. Por outro lado, o polimorfismo rs738409 no gene Patatin-like fosfolipase contendo 3 (PNPLA3) tem sido implicado na suscetibilidade à DHGNA e fibrose hepática. No entanto, o efeito sinérgico entre o consumo de carne vermelha e o polimorfismo no gene PNPLA3 na DHGNA ainda não foi avaliado. Objetivo: Avaliar a associação entre a presença do polimorfismo no gene PNPLA3 e o consumo de macronutrientes, incluindo o consumo de carne e seu modo de cozimento em pacientes com DHGNA. Métodos: Realizamos um estudo transversal com 91 pacientes diagnosticados com DHGNA por biópsia hepática e genotipados para o polimorfismo no gene PNPLA3. O consumo de calorias e macronutrientes foi verificado por meio do questionário de frequência alimentar semi-quantitativo (QFA) e do questionário específico sobre consumo de carnes. O polimorfismo no gene PNPLA3 foi analisado por reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) e a avaliação antropométrica foi realizada. Resultados: O índice de massa corporal médio foi de 32,38±4,58 kg/m² e a circunferência da cintura foi de 107±10 cm. Na biópsia hepática, 42% dos pacientes apresentavam fibrose significativa (F≥2). O odds ratio de F≥2 foi de 2,12 para o grupo GG e 1,54 para o grupo GC, comparado ao grupo CC. A ingestão calórica média foi de 1.170±463,20 kcal/d. O odds ratio para alto consumo de carne vermelha no grupo CC em comparação ao baixo consumo foi de 1,33. Para a carne branca, este valor foi de 0,8 ao comparar o alto e o baixo consumo, também no grupo CC. Conclusão: A alta ingestão de carne vermelha e o polimorfismo no gene PNPLA3 parecem afetar sinergicamente a DHGNA e a fibrose hepática, necessitando de confirmação em maior número de pacientes e em diferentes populações.

Genetic relationships of the Yucatan black hairless pig with Iberian breeds using single nucleotide polymorfisms / Relações genéticas de porcos pretos calvos de Yucatán com raças ibéricas usando Polimorfismo de nucleotídeos isolados

To conduct ex-situ creole pig conservation programs, it is essential to determine which breeding animals will be used, preferentially those with a more significant Iberian genetic component to preserve their origin. This study used a Yucatan black hairless pigs (YBHP) subpopulation to estimate its genetic diversity and population structure. One hundred four adult pigs were selected for the absence of hair, black skin (without spots), black hoof, and straight snout. The porcine-GGP-50K chip was used for SNP genotyping in YBHP, and information on Iberian and Yucatán hairless pigs from the United States (USYU) was taken from databases. All analysis was performed using PLINK v1.9 and v2.1 software. Inbreeding and fixation index values were lower in YBHP, with high observed heterozygosity and allogamy index values, which agree with those obtained in the populations of Canarias and Chato Murciano. According to the clusters generated by the "Genome-Wide Identity by State" analysis, four groups were identified, one of which included pigs from Guadyerbas, USYU, and YBHP. Between populations, YBHP was closely related to the hairless pigs from Guadyerbas, USYU, and Canarias. Principal component analysis showed the same result. According to the results obtained from the runs of homozygosity investigation, aimed to get pools consensus of regions of overlapping, 119 SNPs associated with genes and biological processes were identified. The BMP7 and NSUN2 genes were associated with epithelial cell differentiation, morphogenesis, and epithelial development. For nutrient metabolism: energy, the HADHA, PPARA, ADD1/SREBF1, and FAT 1genes were identified.(AU)

Para realizar programas de conservação ex-situ de suínos crioulos, é importante determinar quais animais serão criados, preferencialmente aqueles com maior componente de genética ibérica, para preservar sua origem. Uma subpopulação de porco preto calvo de Yucatán (YBHP) foi usada para estimar sua diversidade genética e estrutura populacional. Um total de 104 suínos adultos foram selecionados levando-se em consideração características como ausência de pelos, pele preta (sem manchas), casco preto e focinho reto. O painel GGP-50K foi utilizado para a genotipagem dos SNPs em animais YBHP, e informações de porcos sem pelos ibéricos e de Yucatán dos Estados Unidos (USYU) foram retiradas de bancos de dados. Todas as análises foram realizadas com o software PLINK v1.9 e v2.1. Os valores dos índices de endogamia e fixação foram menores em YBHP, com altos valores de índice de heterozigosidade e alogamia observados, que concordam com os obtidos nas populações de Canárias e Chato Murciano. De acordo com os clusters gerados pela análise "Genoma-Wide Identity By State", quatro grupos foram identificados, um dos quais incluiu porcos de Guadyerbas, USYU e YBHP. Entre as populações, YBHP estava intimamente relacionado com os porcos sem pelo de Guadyerbas, USYU e Canárias. A análise de componentes principais mostrou o mesmo resultado. De acordo com os resultados obtidos nas corridas de investigação de homozigose, visando obter consenso de pools de regiões de sobreposição, foram identificados 119 SNPs associados a genes e processos biológicos. Os genes BMP7 e NSUN2 foram associados à diferenciação de células epiteliais, morfogênese e desenvolvimento epitelial. Para metabolismo de nutrientes: energia, os genes HADHA, PPARA, ADD1/SREBF1 e FAT1 foram identificados.(AU)

Frequência alélica e potencial regulatório de polimorfismosno gene NELL1 em uma população da Bahia ­ Brasil / Allele frequency and regulatory potential of polimorphisms in NELL1 gene in a population of Bahia ­ Brazil

Introdução: o gene NELL1 codifica a proteína semelhante ao fator de crescimento epidérmico (do inglês Epidermal Growth factor (EGF)-like). GWASs e estudos de associação com genes candidatos têm sido utilizados para estabelecer a conexão entre polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) no NELL1 e diversas doenças. Objetivo: descrever a frequência alélica e o potencial regulatório dos polimorfismos do gene NELL1, estudados em uma população de Salvador (Bahia, Brasil) e descrever a frequência desses polimorfismos e a associação com diversas doenças, em populações africana, ameríndia, asiática e europeia. Metodologia: 1094 participantes foram recrutados através do Programa de Controle da Asma e da Rinite Alérgica no Estado da Bahia (ProAR). Os indivíduos tiveram o DNA genômico extraído e genotipado, utilizando-se a plataforma Illumina. Os SNP foram consultados através da plataforma SeattleSec Annotation. As bases de dados NCBI, RegulomeDB e Haploview 4.2 foram utilizadas para as análises. Resultados: foram analisados 346 SNPs do gene NELL1. Desses, 53 SNPs tiveram o MAF variando entre 50% e 40% e função intrônica. Os SNPs rs10833465 (alelo A), rs908944 (alelo C), rs1516766 (alelo A), rs10766739 (alelo G) e rs11025878 (alelo G) apresentam uma pontuação de 3, de acordo com o banco do RegulomeDB. O SNP rs7117671, com pontuação 2b, pode ter impacto regulatório e funcional. 101 SNPs apresentaram o MAF entre 39% e 20%. Dos polimorfismos menos frequentes nessa população, 192 apresentaram um MAF entre 19% e 2%. Discussão: alguns SNPs, com diferentes frequências, apresentaram alta probabilidade de impacto funcional. Foram encontrados, na literatura, estudos de associação dos SNPs e osteoporose, doenças metabólicas, condições inflamatórias, doenças neuropsiquiátricas e tumores malignos. Conclusão: ospolimorfismos do gene NELL1 estudados apresentaram diferentes frequências na população desse estudo e tiveram seus alelos associados a doenças em diferentes populações. Sugere-se que sejam realizados mais estudos.

Introduction: the NELL1 gene encodes the epidermal growth factor (EGF)-like protein. GWASs and association studies with candidate genes have been used to establish the connection between single nucleotide polymorphisms (SNP) in NELL1 and various diseases. Objective: to describe the allele frequency and regulatory potential of NELL1 gene polymorphisms studied in a population from Salvador, Bahia, Brazil; and to describe the frequency of these polymorphisms, and the association with various diseases, in African, Amerindian, Asian and European populations. Methodology: one thousand and ninety-four (1094) participants were recruited through the Program for the Control of Asthma and Allergic Rhinitis in the State of Bahia (ProAR). Individuals had their genomic DNA extracted and genotyped using the Illumina platform. The SNPs were consulted through the SeattleSec Annotation platform. The NCBI, RegulomeDB and Haploview 4.2 databases were used for the analyses. Results: four hundred and seventy-three (346) NELL1 gene SNPs were analyzed. Of these, 53 SNPs had MAF ranging between 50% and 40% and intronic function. The SNPs rs10833465 (A allele), rs908944 (C allele), rs1516766 (A allele), rs10766739 (G allele) and rs11025878 (G allele) showed a score of 3, according to the RegulomeDB database. SNP rs7117671, with score 2b, may have regulatory and functional impact. One hundred and eighteen (101) SNPs presented MAF between 39% and 20%. Of the less frequent polymorphisms in this population, 192 had a MAF between 19% and 2%. Discussion: some SNPs, with different frequencies, presented a high probability of functional impact. Studies on the association of SNPs and osteoporosis, metabolic diseases, inflammatory conditions, neuropsychiatric diseases and malignant tumors were found in the literature. Conclusion: the NELL1 gene polymorphisms studied showed different frequencies in the population of this study and had their alleles associated with diseases in different populations. It is suggested that further studies be carried out.

Genetic, sociodemographic and lifestyle factors associated with serum 25-hydroxyvitamin D concentrations in Brazilian adults: the Pró-Saúde Study / Fatores genéticos, sociodemográficos e de estilo de vida nas concentrações séricas de 25-hidroxivitamina D em adultos brasileiros: o Estudo Pró-Saúde / Factores genéticos, sociodemográficos y estilo de vida asociados con la concentración sérica 25-hidroxivitamina D en adultos brasileños: Estudio Pro-Salud

This study aims to investigate factors associated with serum 25-hydroxyvitamin D [25(OH)D] concentration in Brazilian adults considering sociodemographic and lifestyle factors, as well as vitamin D-related single nucleotide polymorphisms (SNPs). This is a cross-sectional study (n = 491; 34-79y; 251 women), nested within a prospective cohort (Pró-Saúde Study). Associations between serum 25(OH)D and sociodemographic characteristics, diet, use of supplement, physical activity, season of blood collection, body fat, skin type, sun exposure index, and SNPs CYP2R1-rs10741657 and GC-rs2282679 were explored by multiple linear regression. The prevalence of serum 25(OH)D < 50nmol/L was 55%. Serum 25(OH)D was lower among women (β = -4.38; 95%CI: -8.02; -0.74), those with higher visceral fat (β = -4.02; 95%CI: -5.92; -2.12), and those with AC and CC genotypes for GC-rs2282679 (β = -6.84; 95%CI: -10.09; -3.59; β = -10.63; 95%CI: -17.52; -3.74, respectively). Factors directly associated with serum 25(OH)D included summer (β = 20.14; 95%CI: 14.38; 25.90), intermediate skin type (β = 6.16; 95%CI: 2.52; 9.80), higher sun exposure (β = 0.49; 95%CI: 0.22; 0.75), vitamin D intake (β = 0.48; 95%CI: 0.03; 0.93), and physical activity (β = 4.65; 95%CI: 1.54; 7.76). Besides physical activity, diet, and sun exposure, non-modifiable factors, such as GC genotypes must be considered when evaluating vitamin D insufficiency in mixed-race populations. Moreover, high visceral fat in association with poorer vitamin D status deserve attention given that both conditions are unfavorably related with chronic and acute health outcomes.

Este estudo teve como objetivo investigar fatores associados com as concentrações séricas de 25-hidroxivitamina [25(OH)D] em adultos brasileiros de acordo com fatores sociodemográficos e de estilo de vida, assim como de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) relacionados à vitamina D. Este é um estudo transversal (n = 491; 34-79 anos; 251 mulheres) aninhado em uma coorte prospectiva (Estudo Pró-Saúde). Associações entre a 25(OH)D sérica e características sociodemográficas, consumo alimentar, uso de suplementos, atividade física, estação do ano na coleta da amostra de sangue, gordura corporal, fototipo de pele, índice de exposição solar e SNPs CYP2R1-rs10741657 e GC-rs2282679, explorados por regressão multilinear. A prevalência de 25(OH)D sérica < 50nmol/L foi 55%. A concentração sérica de 25(OH)D foi menor entre mulheres (β = -4,38; IC95%: -8,02; -0,74), indivíduos com mais gordura visceral (β = -4,02; IC95%: -5,92; -2,12) e genótipos AC e CC para GC-rs2282679 (β = -6,84; IC95%: -10,09; -3,59 e β = -10,63; IC95%: -17,52; -3,74, respectivamente). Os fatores associados diretamente à 25(OH)D sérica incluíram os meses de verão (β = 20,14; IC95%: 14,38; 25,90), fototipo intermediário (β = 6,16; IC95%: 2,52; 9,80), maior exposição solar (β = 0,49; IC95%: 0,22; 0,75), ingestão de vitamina D (β = 0,48; IC95%: 0,03; 0,93) e atividade física (β = 4,65; IC95%: 1,54; 7,76). Além de atividade física, dieta e exposição solar, fatores não modificáveis, tais como variantes do gene GC devem ser considerados na avaliação da deficiência de vitamina D em populações miscigenadas. Além disso, merece atenção a associação entre a gordura visceral elevada e o pior estado de vitamina D, uma vez que ambas as condições implicam em desfechos de saúde desfavoráveis, tanto crônicos quanto agudos.

Nuestro objetivo fue investigar factores asociados con la concentración sérica 25-hidroxivitamina D [25(OH)D] en adultos brasileños, considerando factores sociodemográficos y de vida, así como también los polimorfismos de nucleótido único relacionados con la vitamina D (SNPs). Se trata de un estudio transversal (n = 491; 34-79 años; 251 mujeres), anidado dentro de una cohorte prospectiva (Estudio Pro-Salud). Se investigaron las asociaciones entre concentración sérica 25(OH)D y características sociodemográficas, ingesta alimentaria, uso de suplementos, actividad física, estación del año de recogida de muestras de sangre, grasa corporal, tipo de piel, índice de exposición al sol, y SNPs CYP2R1-rs10741657 y GC-rs2282679 mediante una regresión múltiple lineal. La prevalencia sérica 25(OH)D < 50nmol/L fue 55%. La 25(OH)D sérica fue menor entre las mujeres (β = -4,38; IC95%: -8,02; -0,74), quienes tenían alta grasa visceral (β = -4,02; IC95%: -5,92; -2,12), genotipos AC y CC para GC-rs2282679 (β = -6,84; IC95%: -10,09; -3,59 y β = -10,63; IC95%: -17,52; -3,74, respectivamente). Los factores directamente asociados con la concentración sérica 25(OH)D incluyeron verano (β = 20,14; IC95%: 14,38; 25,90), tipo de piel intermedia (β = 6,16; IC95%: 2,52; 9,80), más alta exposición al sol (β = 0,49; IC95%: 0,22; 0,75), toma de vitamina D (β = 0,48; IC95%: 0,03; 0,93) y actividad física (β = 4,65; IC95%: 1,54; 7,76). Además de la actividad física, dieta y exposición al sol, los factores no modificables, tales como genotipos GC, necesitan tenerse en cuenta cuando se está evaluando la insuficiencia de vitamina D en poblaciones mestizas. Asimismo, las implicaciones de la asociación de una alta grasa visceral con un estatus más pobre de vitamina D merece que se le preste atención, puesto que ambas condiciones de salud están relacionadas desfavorablemente con resultados de salud graves y crónicos.

Caracterização de polimorfismos nos genes OPG, RANK e RANKL em uma população brasileira / Characterization of OPG, RANK and RANKL gene polymorphisms in a Brazilian population

Introdução: o sistema RANKL (receptor-ativador do fator nuclear-ligante κB)/RANK (receptor ativador do NF-kB)/OPG (osteoprotegrina) Introdução: o sistema OPG (osteoprotegrina)/RANK (receptor ativador do NF-kB)/RANKL (receptor-ativador do fator nuclear-ligante κB) regula os processos fisiológicos e patológicos da remodelação óssea. Polimorfismos genéticos nos genes OPG, RANK e RANKL têm sido associados a doenças, em diferentes populações. Objetivo: Descrever a frequência e o potencial regulatório dos polimorfismos do sistema OPG, RANK e RANKL em uma população brasileira; avaliar o seu potencial como marcadores genéticos informativos de ancestralidade; comparar com patologias associadas em outras populações. Metodologia: neste estudo, 506 indivíduos adultos, participantes de uma coorte acometidos de asma e periodontite, tiveram o DNA genômico extraído e genotipado, utilizando-se a plataforma Illumina. As plataformas NCBI, RegulomeDB, Haploview 4.2 e rSNPBase foram consultadas e utilizadas para análises. Resultados e Discussão: os polimorfismos mais frequentes na população estudada foram o rs3102724 no gene OPG, com frequência de menor alelo (MAF) de 46%; o rs4941129 em RANK, MAF 50%; e o rs9525641 em RANKL, MAF 46%. Os rs3134063 (1f) em OPG, rs17069898 (1f) em RANK e rs2200287 (1d) em RANKL apresentaram maior impacto funcional. Em OPG e RANK, nove polimorfismos se caracterizaram como marcadores genéticos informativos de ancestralidade, com predomínio nas populações YRI (africanos) e CEU (europeus). Os nove polimorfismos, com função intrônica, apresentaram MAF entre 2 a 46% na população-alvo e foram associados a patologias do metabolismo ósseo em outras populações. Conclusão: polimorfismos dos genes estudados se mostraram frequentes na população estudada e tiveram seus alelos mais frequentes associados a doenças em populações ancestrais. Sugere-se que sejam realizados mais estudos.

Introduction: The OPG (osteoprotegerin)/ RANK (NF-kB activating receptor)/ RANKL (nuclear-binding factor κB receptor-activating system regulates the physiological and pathological processes of bone remodeling. Genetic polymorphisms (SNPs) in OPG, RANK and RANKL genes have been associated with diseases in different populations. Objective: Describe the regulatory frequency and potential of SNPs in OPG, RANK and RANKL in a Brazilian population; assess their potential as informative genetic markers of ancestry; compare with pathologies associated with these polymorphisms in other populations. Methods: in this study, 506 adult individuals, participating in a cohort involving asthma and periodontitis, had genomic DNA extracted and genotyped using the Illumina platform. The NCBI, RegulomeDB, Haploview 4.2 and rSNPBase platforms were consulted and used for analysis. Results and discussion: the most frequent polymorphisms in the studied population were the rs3102724 in the OPG gene, with the lowest allele frequency (MAF) of 46%; rs4941129 in RANK, MAF 50% and rs9525641 in RANKL, MAF 46%. The rs3134063 (1f) in OPG, rs17069898 (1f) in RANK and rs2200287 (1d) in RANKL, had greater functional impact. In OPG and RANK, 9 SNPs were characterized as informative genetic markers of ancestry, predominantly in YRI (African) and CEU (European) populations. These 9 SNPs, with intronic function, presented MAF between 2 and 46% in our population, and were associated with pathologies in bone metabolism in other populations. Conclusion: SNPs of the studied genes were found to be frequent in the studied population and had their most frequent alleles associated with diseases in ancestral populations. It is suggested that further studies be carried out

Polimorfismos genéticos de nucleotídeo único relacionados a sintomas depressivos em pacientes oncológicos: uma scoping review / Single nucleotide genetic polymorphisms related to depressive symptoms in cancer patients: a scoping review

Trata-se de uma revisão de escopo que objetivou relatar as evidências científicas reportadas na literatura referentes a polimorfismos genéticos de nucleotídeo único (SNPs) e a sua relação com o desenvolvimento de sintomas depressivos em pessoas com câncer. A pergunta de pesquisa que norteou esta revisão foi: "Quais polimorfismos genéticos de nucleotídeo único estão relacionados ao desenvolvimento de sintomas depressivos em pacientes oncológicos?". Para a sua condução foi utilizado o referencial teórico proposto por Arksey & O'Malley (2005), acrescido de ampliações de Levac, Colquhoun & O'Brien (2010) e Colquhoun, Levac & O'Brien (2014). Realizou-se buscas sistematizadas nas seguintes bases de dados: PubMed, Embase, PsychInfo, Web of Science e Scopus. Encontrou-se 1946 referências únicas e, após rigorosa seleção, 10 artigos atenderam aos três critérios de inclusão propostos: (1) estudos clínicos conduzidos com pacientes oncológicos; (2) apresentar relação entre SNPs e o desenvolvimento de sintomas depressivos; (3) publicados em português, inglês ou espanhol. Dos 10 artigos incluídos na amostra final, 70% tratava-se de estudos longitudinais, a maioria produzidos nos Estados Unidos (40%), com publicação predominante entre os anos 2012-2014 (60%). A população predominantemente estudada foram mulheres acometidas por câncer de mama (60%) e os sintomas depressivos foram, em sua maioria, avaliados por intermédio de instrumentos validados cientificamente (80%). Os SNPs relacionados aos sintomas depressivos foram encontrados, sobretudo, em genes da via inflamatória (6/11, 54,5%), e o polimorfismo mais estudado foi o rs6265 do gene BDNF, da via de transdução de sinais (4/11, 36,3%). Os principais achados dessa revisão, demonstram que portadores do genótipo Met-BDNF tendem a apresentar maior risco de desenvolvimento e agravamento dos sintomas depressivos. Além disso, os SNPs de genes da via da inflamação, especialmente aqueles relacionados à produção de citocinas pró-inflamatórias, podem desempenhar um importante papel preditivo de sintomas depressivos, na referida população. Portanto, pode-se concluir que as evidências disponíveis na literatura apontam que o polimorfismo do gene BDNF Val66Met (rs6265) e SNPs do sistema imunológico, em especial da via inflamatória, despontam como potenciais marcadores biológicos, no contexto do desenvolvimento de sintomas depressivos em pacientes oncológicos

This is a scoping review that aimed to report the scientific evidence reported in the literature regarding single nucleotide genetic polymorphisms (SNPs) and their relation with the development of depressive symptoms in people with cancer. The research question that guided this review was: "Which single nucleotide genetic polymorphisms are related to the development of depressive symptoms in cancer patients?". The theoretical reference proposed by Arksey & O'Malley (2005) was used to conduct it, plus extensions by Levac, Colquhoun & O'Brien (2010) and Colquhoun, Levac & O'Brien (2014). Systematic searches were carried out in the following databases: PubMed, Embase, PsychInfo, Web of Science, and Scopus. 1946 unique references were found and, after rigorous selection, 10 articles met the three proposed inclusion criteria: (1) clinical studies conducted with cancer patients; (2) presenting a relation between SNPs and the development of depressive symptoms; (3) published in Portuguese, English or Spanish. Of the 10 articles included in the final sample, 70% were longitudinal studies, most of them produced in the United States (40%), with a predominant publication between the years 2012-2014 (60%). The predominantly studied population were women affected by breast cancer (60%) and the depressive symptoms were mostly evaluated using scientifically validated instruments (80%). SNPs related to depressive symptoms were found, mainly, in genes of the inflammatory pathway (6/11, 54.5%), and the most studied polymorphism was the rs6265 of the BDNF gene, of the signal transduction pathway (4/11, 36.3%). The main findings of this review demonstrate that patients with the Met-BDNF genotype tend to have a higher risk of developing and worsening depressive symptoms. In addition, the SNPs of genes in the inflammation pathway, especially those related to the production of pro-inflammatory cytokines, can play an important predictive role of depressive symptoms in this population. Therefore, it can be concluded that the evidence available in the literature indicates that the polymorphism of the BDNF gene Val66Met (rs6265) and SNPs of the immune system, especially of the inflammatory pathway, emerge as potential biological markers, in the context of the development of depressive symptoms in oncological patients

Polimorfismos genéticos de nucleotídeo único relacionados a sintomas depressivos em pacientes oncológicos: uma scoping review / Single nucleotide genetic polymorphisms related to depressive symptoms in cancer patients: a scoping review

Trata-se de uma revisão de escopo que objetivou relatar as evidências científicas reportadas na literatura referentes a polimorfismos genéticos de nucleotídeo único (SNPs) e a sua relação com o desenvolvimento de sintomas depressivos em pessoas com câncer. A pergunta de pesquisa que norteou esta revisão foi: "Quais polimorfismos genéticos de nucleotídeo único estão relacionados ao desenvolvimento de sintomas depressivos em pacientes oncológicos?". Para a sua condução foi utilizado o referencial teórico proposto por Arksey & O'Malley (2005), acrescido de ampliações de Levac, Colquhoun & O'Brien (2010) e Colquhoun, Levac & O'Brien (2014). Realizou-se buscas sistematizadas nas seguintes bases de dados: PubMed, Embase, PsychInfo, Web of Science e Scopus. Encontrou-se 1946 referências únicas e, após rigorosa seleção, 10 artigos atenderam aos três critérios de inclusão propostos: (1) estudos clínicos conduzidos com pacientes oncológicos; (2) apresentar relação entre SNPs e o desenvolvimento de sintomas depressivos; (3) publicados em português, inglês ou espanhol. Dos 10 artigos incluídos na amostra final, 70% tratava-se de estudos longitudinais, a maioria produzidos nos Estados Unidos (40%), com publicação predominante entre os anos 2012-2014 (60%). A população predominantemente estudada foram mulheres acometidas por câncer de mama (60%) e os sintomas depressivos foram, em sua maioria, avaliados por intermédio de instrumentos validados cientificamente (80%). Os SNPs relacionados aos sintomas depressivos foram encontrados, sobretudo, em genes da via inflamatória (6/11, 54,5%), e o polimorfismo mais estudado foi o rs6265 do gene BDNF, da via de transdução de sinais (4/11, 36,3%). Os principais achados dessa revisão, demonstram que portadores do genótipo Met-BDNF tendem a apresentar maior risco de desenvolvimento e agravamento dos sintomas depressivos. Além disso, os SNPs de genes da via da inflamação, especialmente aqueles relacionados à produção de citocinas pró-inflamatórias, podem desempenhar um importante papel preditivo de sintomas depressivos, na referida população. Portanto, pode-se concluir que as evidências disponíveis na literatura apontam que o polimorfismo do gene BDNF Val66Met (rs6265) e SNPs do sistema imunológico, em especial da via inflamatória, despontam como potenciais marcadores biológicos, no contexto do desenvolvimento de sintomas depressivos em pacientes oncológicos

This is a scoping review that aimed to report the scientific evidence reported in the literature regarding single nucleotide genetic polymorphisms (SNPs) and their relation with the development of depressive symptoms in people with cancer. The research question that guided this review was: "Which single nucleotide genetic polymorphisms are related to the development of depressive symptoms in cancer patients?". The theoretical reference proposed by Arksey & O'Malley (2005) was used to conduct it, plus extensions by Levac, Colquhoun & O'Brien (2010) and Colquhoun, Levac & O'Brien (2014). Systematic searches were carried out in the following databases: PubMed, Embase, PsychInfo, Web of Science, and Scopus. 1946 unique references were found and, after rigorous selection, 10 articles met the three proposed inclusion criteria: (1) clinical studies conducted with cancer patients; (2) presenting a relation between SNPs and the development of depressive symptoms; (3) published in Portuguese, English or Spanish. Of the 10 articles included in the final sample, 70% were longitudinal studies, most of them produced in the United States (40%), with a predominant publication between the years 2012-2014 (60%). The predominantly studied population were women affected by breast cancer (60%) and the depressive symptoms were mostly evaluated using scientifically validated instruments (80%). SNPs related to depressive symptoms were found, mainly, in genes of the inflammatory pathway (6/11, 54.5%), and the most studied polymorphism was the rs6265 of the BDNF gene, of the signal transduction pathway (4/11, 36.3%). The main findings of this review demonstrate that patients with the Met-BDNF genotype tend to have a higher risk of developing and worsening depressive symptoms. In addition, the SNPs of genes in the inflammation pathway, especially those related to the production of pro-inflammatory cytokines, can play an important predictive role of depressive symptoms in this population. Therefore, it can be concluded that the evidence available in the literature indicates that the polymorphism of the BDNF gene Val66Met (rs6265) and SNPs of the immune system, especially of the inflammatory pathway, emerge as potential biological markers, in the context of the development of depressive symptoms in oncological patients

Association between single nucleotide polymorphisms and endometriosis in a brazilian population / Associação de polimorfismos de único nucleotídeo com a endometriose em uma população brasileira

Abstract Objective To investigate the association between genetic polymorphisms in candidate genes or candidate regions and the development of endometriosis in Brazilian women. Methods A total of 30 women between 25 and 64 years old with a diagnosis of endometriosis participated in the present study, as well as 30 matched control women from the same age group, asymptomatic and without family history of the disease. The patients genotypic and allelic frequencies of polymorphisms in the GREB1 gene (rs13394619) and in the intergenic region at position 7p15.2 (rs12700667) were analyzed and compared. Results There was no significant difference in the frequency of genotypes for the A > G polymorphism (rs13394619) in the GREB1 gene between the two groups. However, the distribution frequencies of the genotypes for the A > G polymorphism (rs12700667) in an intergenic region on chromosome 7 were different for control patients and for patients with endometriosis, with higher frequency of the AG genotype compared to the GG between patients with the disease (odds ratio [OR] = 3.49; confidence interval [CI] = 1.47-8.26). Conclusion The present study suggests that the polymorphism in the intergenic region of chromosome 7 is associated with the risk of developing endometriosis in a population of Brazilian women from Juiz de Fora.

Resumo Objetivo Investigar a associação de polimorfismos genéticos em genes candidatos ou regiões candidatas com o desenvolvimento da endometriose em mulheres brasileiras. Métodos Um total de 30 mulheres com diagnóstico de endometriose, com idade entre 25 e 64 anos, participaram da presente pesquisa, bem como 30 mulheres controle, na mesma faixa etária, assintomáticas e sem história familiar da doença. Foram analisadas e comparadas as frequências genotípicas e alélicas de polimorfismos no gene GREB1 (rs13394619) e na região intergênica na posição 7p15.2 (rs12700667) nessas pacientes. Resultados Não houve diferença significativa na frequência dos genótipos para o polimorfismo A > G (rs13394619) no gene GREB1 entre os dois grupos. No entanto, as frequências de distribuição dos genótipos para o polimorfismo A > G (rs12700667) em uma região intergênica no cromossomo 7 foram diferentes entre as pacientes controle e com endometriose, com frequência mais alta do genótipo AG comparado ao GG entre as pacientes com a doença (odds ratio [OR] = 3,49; intervalo de confiança [IC] 95% = 1,47-8,26). Conclusão O presente estudo sugere que o polimorfismo na região intergênica do cromossomo 7 foi associado com o risco do desenvolvimento de endometriose em uma população de mulheres de Juiz de Fora.

In silico prediction of the functional and structural consequences of the non-synonymous single nucleotide polymorphism A122V in bovine CXC chemokine receptor type 1 / Predição in silico das consequências funcionais e estruturais do polimorfismo de nucleotídeo único não-sinônimo A122V no receptor de quimiocina CXC do tipo I bovino

Abstract The current study aimed to assess whether the A122V causal polymorphism promotes alterations in the functional and structural proprieties of the CXC chemokine receptor type 1 protein (CXCR1) of cattle Bos taurus by in silico analyses. Two amino acid sequences of bovine CXCR1 was selected from database UniProtKB/Swiss-Prot: a) non-polymorphic sequence (A7KWG0) with alanine (A) at position 122, and b) polymorphic sequence harboring the A122V polymorphism, substituting alanine by valine (V) at same position. CXCR1 sequences were submitted as input to different Bioinformatics' tools to examine the effects of this polymorphism on functional and structural stabilities, to predict eventual alterations in the 3-D structural modeling, and to estimate the quality and accuracy of the predictive models. The A122V polymorphism exerted tolerable and non-deleterious effects on the polymorphic CXCR1, and the predictive structural model for polymorphic CXCR1 revealed an alpha helix spatial structure typical of a receptor transmembrane polypeptide. Although higher variations in the distances between pairs of amino acid residues at target-positions are detected in the polymorphic CXCR1 protein, more than 97% of the amino acid residues in both models were located in favored and allowed conformational regions in Ramachandran plots. Evidences has supported that the A122V polymorphism in the CXCR1 protein is associated with increased clinical mastitis incidence in dairy cows. Thus, the findings described herein prove that the replacement of the alanine by valine amino acids provokes local conformational changes in the A122V-harboring CXCR1 protein, which could directly affect its post-translational folding mechanisms and biological functionality.

Resumo O presente estudo objetivou avaliar se o polimorfismo causal A122V promove alterações nas propriedades funcionais e estruturais da proteína receptora de quimiocina CXC do tipo 1 (CXCR1) de bovino Bos taurus por análises in silico. Duas sequências de aminoácidos da CXCR1 bovina foram selecionadas a partir do banco de dados UniProtKB/Swiss-Prot: a) sequência não-polimórfica (A7KWG0) contendo alanina (A) na posição 122, e b) sequência polimórfica carreando o polimorfismo A122V, causando a substituição de alanina por valina (V) na mesma posição. As sequências CXCR1 foram analisadas por diferentes ferramentas de Bioinformática para examinar o efeito desse polimorfismo sobre sua estabilidade, função e estrutura, predizer eventuais alterações na sua modelagem estrutural 3-D, bem como estimar a qualidade dos modelos preditos. O polimorfismo A122V exerceu efeitos toleráveis e não-deletérios sobre a CXCR1 polimórfica, apresentando um modelo estrutural de alfa-hélice típico de uma proteína receptora transmembranar para ambas as proteínas. Embora maiores variações nas distâncias entre os pares de aminoácidos nas posições-alvo tenham sido detectadas na proteína polimórfica, mais do que 97% dos aminoácidos em ambos os modelos foram situados em regiões ditas favoráveis e permitidas nos diagramas de Ramachandran. Evidências sustentam que o polimorfismo de nucleotídeo único A122V na proteína receptora CXCR1 está associado à aumentada incidência de mastite clínica em vacas leiteiras. Assim, as descobertas descritas aqui comprovam que a substituição do aminoácido alanina por valina provoca mudanças conformacionais locais na proteína CXCR1 polimórfica, que podem estar diretamente afetando seus mecanismos de enovelamento pós-traducionais e sua função biológica.

Statistical association of rs2243250 polymorphism of IL4 gene and hemorrhagic stroke in Brazilian population / Associação estatística entre o polimorfismo rs2243250 no gene da IL-4 e o AVC hemorrágico na população brasileira

ABSTRACT Interleukin-4 (IL-4) has great significance in inflammatory processes in cases of stroke, since it is able to polarize microglia to the antiinflammatory phenotype called M2. This study analyzed if the variation between TT genotype and the other genotypes (CT and CC), in -589 (rs2243250) polymorphism of IL4 gene, has association with the prognosis of hemorrhagic stroke (HS) and with clinical aspects which are risk factors for cerebrovascular diseases. The result of this study shows that there is no statistical association of the IL4 polymorphism with either prognosis or clinical aspects in HS patients.

RESUMEN La interleucina-4 (IL-4) tiene gran importancia en los procesos inflamatorios en casos de accidente cerebrovascular (ACV), puesto que hace que las microglías sean polarizadas hacia el fenotipo antiinflamatorio M2. Este estudio analizó si la variación entre el genotipo TT y los demás genotipos (CT y CC), en el polimorfismo -589 (rs2243250) del gen IL4, posee asociación con el pronóstico de ACV hemorrágico y con aspectos clínicos que son factores de riesgo para enfermedades cerebrovasculares. El resultado de este estudio enseña que no hay asociación estadística del polimorfismo del IL4 ni con el pronóstico ni con los aspectos clínicos de pacientes con ACV hemorrágico.

RESUMO A interleucina-4 (IL-4) tem grande importância nos processos inflamatórios em casos de acidente vascular cerebral (AVC), uma vez que ela é capaz de polarizar micróglias para o fenótipo anti-inflamatório chamado M2. Este estudo analisou se a variação entre o genótipo TT e os demais genótipos (CT e CC), no polimorfismo -589 (rs2243250) do gene IL4, possui associação com o prognóstico de AVC hemorrágico e com aspectos clínicos que são fatores de risco para doenças cerebrovasculares. O resultado deste estudo mostra que não há associação estatística do polimorfismo do IL4 nem com prognóstico nem com os aspectos clínicos dos pacientes com AVC hemorrágico.

Association of glutamate metabotropic receptor polymorphisms and sensorineural hearing loss in adults of different age groups / Associação entre polimorfismos do gene do receptor metabotrópico de glutamato 7 e perda auditiva neurossensorial em adultos de diferentes faixas etárias

Abstract Introduction: Sensorineural hearing loss is a common challenge all over the world, including a section of the young population. While there have been many published reports associating glutamate metabotropic receptor 7 with sensorineural hearing loss, there is no report, till date, about the association of glutamate metabotropic receptor 7 polymorphisms with sensorineural hearing loss at different ages. Objective: To test the association between the single nucleotide polymorphisms rs11928865 and rs11920109 of the glutamate metabotropic receptor 7 with sensorineural hearing loss in adults of different age groups. Methods: A total of 1661 subjects were studied. The individuals aged between 30 and 50, and between 51 and 70 years with sensorineural hearing loss comprised group A and group B, respectively. Individuals aged between 30 and 50; and between 51 and 70 years without hearing loss comprised control groups C and D, respectively. The MassARRAY method was used to analyze the genotypes. Results: The difference in genotypes for the glutamate metabotropic receptor 7 rs11928865 single nucleotide polymorphism between patients in the groups B and D was statistically significant (p = 0.018). The distribution frequencies of genotypes in patients that were aged between 30 and 50 years were not significantly different. The difference in genotypes for the rs11920109 single nucleotide polymorphism between the sensorineural hearing loss groups and control groups showed no statistical significance. Conclusion: The rs11928865 single nucleotide polymorphism was associated with the susceptibility to hearing loss in patients in group B but not with those in group A.

Resumo Introdução: A perda auditiva neurossensorial é um desafio comum no mundo todo, inclui uma parte da população jovem. Embora haja muitos relatos que associem o gene do receptor metabotrópico de glutamato 7 com perda auditiva neurossensorial, não há relato, até a presente data, sobre a associação de polimorfismos do receptor metabotrópico de glutamato 7 com perda auditiva neurossensorial em diferentes faixas etárias. Objetivo: Testar a associação entre os polimorfismos de nucleotídeo único, rs11928865 e rs11920109 do receptor metabotrópico de glutamato 7 e perda auditiva neurossensorial em adultos de diferentes faixas etárias. Método: Um total de 1661 indivíduos foram estudados. Os indivíduos com idade entre 30 e 50 anos e entre 51 e 70 anos com perda auditiva neurossensorial constituíram o grupo A e o grupo B, respectivamente. Indivíduos com idade entre 30 e 50 anos; e entre 51 e 70 anos sem perda auditiva foram os grupos controle C e D, respectivamente. O método MassARRAY foi utilizado para analisar os genótipos. Resultados: A diferença nos genótipos para o polimorfismo de nucleotídeo único rs11928865 do gene receptor metabotrópico de glutamato 7 entre os pacientes dos Grupos B e D foi estatisticamente significante (p = 0,018). As frequências de distribuição dos genótipos nos pacientes entre 30 e 50 anos não foram significantemente diferentes. A diferença nos genótipos para o polimorfismo de nucleotídeo único rs11920109 entre os grupos com perda auditiva neurossensorial e os grupos controle não mostrou significância estatística. Conclusão: O polimorfismo de nucleotídeo único rs11928865 foi associado à suscetibilidade para perda auditiva em pacientes do grupo B, mas não àqueles do grupo A.

Genetic polymorphism in ESR2 and risk of tooth agenesis

Introduction: Tooth agenesis (TA) is the congenital absence of teeth. Several studies have proposed a strong genetic background for this condition. Aim: The present cross-sectional study aimed to evaluate whether genetic polymorphisms in the genes that code for estrogen receptors ( ESR1 and ESR2 ) are associated with the presence of isolated TA in a Brazilian sample. Methods: Panoramic radiographs of 142 orthodontic patients were assessed to determine TA of permanent teeth (excluding third molars). DNA of patients was extracted from buccal cells from saliva to evaluate genetic polymorphisms in ESR1 ( rs2234693 and rs9340799 ) and ESR2 ( rs1256049 and rs4986938 ) by genotyping using the real-time PCR technique. For statistical analyses, associations between the distributions of the alleles and genotypes, and the ocurrence of TA were assessed for each genetic polymorphism, with an established alpha of 5%. Results: Thirteen patients had at least 1 congenital missing tooth. The number of congenitally missing teeth ranged from 1 to 11. The genetic polymorphisms rs2234693 and rs9340799 in ESR1 and rs1256049 in ESR2 were not associated with TA ( p > 0.05) . For the genetic polymorphism rs4986938 in ESR2, the genotype and allele distributions were significantly different between the patients with and without TA ( p < 0.05). The CC genotype and the C allele were overrepresented in the TA patients. Conclusion: The genetic polymorphism rs4986938 in ESR2 was associated with the ocurrence o f TA.

Introdução: A agenesia dentária (AD) é a ausência congênita de um ou mais dentes. Vários estudos vêm sugerindo o forte componente genético para essa condição. Objetivo: O presente estudo teve como objetivo avaliar se os polimorfismos genéticos nos genes que codificam os receptores de estrógeno ( ESR1 e ESR2 ) estão associados à ocorrrência de AD isolada em uma amostra brasileira. Métodos: Radiografias panorâmicas de 142 pacientes ortodônticos foram avaliadas para determinar AD de dentes permanentes (excluindo terceiros molares). O DNA dos pacientes foi extraído das células da mucosa bucal contidas na saliva para avaliar polimorfismos genéticos em ESR1 ( rs2234693 e rs9340799 ) e ESR2 ( rs1256049 e rs4986938 ) por genotipagem usando a técnica de PCR em tempo real. Para análises estatísticas, associações entre as distribuições dos alelos e genótipos e a ocorrrência de AD foram avaliadas para cada polimorfismo genético, com um alfa estabelecido de 5%. Resultados: Treze pacientes tiveram pelo menos 1 dente congenitamente ausente. O número de dentes congenitamente ausentes variou de 1 a 11. Os polimorfismos genéticos rs2234693 e rs9340799 no ESR1 e rs1256049 no ESR2 não foram associados à AD ( p > 0,05). Para o polimorfismo genético rs4986938 no ESR2 , as distribuições dos genótipos e dos alelos foram estatisticamente diferentes entre os pacientes com e sem AD ( p < 0,05). O genótipo CC e o alelo C estavam super-representados nos pacientes com AD. Conclusão: Houve associação entre o polimorfismo genético rs4986938 no ESR2 e a ocorrrência de AD.

Influence of genetic markers on the feeding behavior of yearling bulls / Influencia de los marcadores genéticos en el comportamiento alimentario de toretes de un año / Influência de marcadores genéticos no comportamento alimentar de touros de um ano

Abstract Background: The search for gene and marker effects on economically important traits is aimed not only to understanding the genetic architecture of complex traits but also to applying the information to breeding schemes. Objective: To analyze the effect of two temperament-related SNPs (rs109576799 located in the DRD3 gene, and rs43696138 in the HTR2A gene) on feeding performance of Mexican beef cattle. Methods: One hundred and thirty-six young beef bulls were included in a centralized feed efficiency performance test based on residual feed intake (RFI), with 20 d for adaptation and 70 d of feed efficiency testing. In addition to feeding traits, temperament was assessed at the beginning of the trial using pen score (PS) and exit velocity (EV). All animals were genotyped with two markers located in the HTR2A and DRD3 genes, and an association analysis was conducted between these genotypes and the measured traits. Results: For Brangus breed, a significant association was obtained between average daily gain (ADG; p=0.019), and the rs43696138 marker, resulting in higher gains for homozygous genotype GG (1.69 ± 0.04 kg), when compared to the heterozygous genotype GA (1.54 ± 0.04 kg). Conclusion: The previously reported association of these markers with temperament was not confirmed in the evaluated breeds; however, the rs43696138 marker showed an effect on a feeding performance trait. Further studies are needed to determine the effect of this and other markers on both RFI and temperament.

Resumen Antecedentes: La búsqueda de efectos genéticos y marcadores de rasgos económicamente relevantes no solo se basa en el interés biológico de comprender la arquitectura genética de rasgos complejos, sino también en aplicar la información en los esquemas prácticos de mejoramiento. Objetivo: Analizar el efecto de dos SNPs relacionados con el temperamento (rs109576799 localizado en el gen DRD3, y rs43696138 localizado en el gen HTR2A) sobre la eficiencia alimenticia en el ganado bovino mexicano. Métodos: Ciento treinta y seis toretes de carne jóvenes fueron sometidos a una prueba de comportamiento alimenticio basada en el consumo residual de alimento (RFI), con 20 d de adaptación y 70 d de prueba para la eficiencia alimenticia. Además de los rasgos de comportamiento alimenticio, se evaluó el temperamento de los animales al inicio de la prueba, mediante la evaluacion de comportamiento en el corral (PS), y la velocidad de salida (EV). Todas las muestras se tipificaron con dos marcadores localizados en los genes DRD3 y HTR2A para posteriormente realizar un análisis de asociación de los genotipos con los rasgos evaluados. Resultados: En la raza Brangus, se observó una asociación significativa de la media de ganancia diaria de peso (ADG, p=0,019) con el marcador rs43696138, localizado en el gen HTR2A, resultando en mayores ganancias para el genotipo GG (1,69 ± 0,04 kg) en comparación con los toros heterocigóticos GA (1,54 ± 0,04 kg). Conclusión: No se confirmó la asociación de estos marcadores previamente reportados con el temperamento en las razas evaluadas; sin embargo, el marcador rs43696138 mostró efecto en un rasgo de comportamiento alimenticio. Se necesitan más estudios para determinar el efecto de éste y otros marcadores en el consumo residual de alimento (RFI) y el temperamento.

Resumo Antecedentes: A busca de efeitos genéticos e marcadores de características economicamente relevantes não se baseia apenas no interesse biológico de compreender a arquitetura genética de traços complexos, mas também na aplicação da informação nos esquemas práticos de melhoria. Objetivo: Analisar o efeito de dois SNPs relacionados ao temperamento (rs109576799 localizado no gene DRD3 e rs43696138 localizado no gene HTR2A) sobre a eficiência nutricional no gado mexicano. Métodos: Cento e trinta e seis touros jovens foram submetidos a um teste de comportamento alimentar com base na entrada de alimentação residual (RFI), com 20 d de adaptação e 70 d de teste para eficiência de alimentação. Além dos traços de comportamento alimentar, o temperamento dos animais foi avaliado no início do teste, através da avaliação do comportamento na caneta (PS) e da velocidade de saída (EV). Todas as amostras foram digitadas com dois marcadores localizados nos genes DRD3 e HTR2A para posteriormente realizar uma análise de associação dos genótipos com os traços avaliados. Resultados: Na raça Brangus, observou-se uma associação significativa do ganho diário médio (ADG, p = 0,019) com o marcador rs43696138, localizado no gene HTR2A, resultando em maiores ganhos para o genótipo GG (1,69 ± 0,04 kg), em comparação com os touros heterozigóticos GA (1,54 ± 0,04 kg). Conclusão: A associação destes marcadores previamente relatados com o temperamento nas raças avaliadas não foi confirmada; no entanto, o marcador rs43696138 mostrou um efeito sobre uma característica de comportamento alimentar. Mais estudos são necessários para determinar o efeito deste e outros marcadores com ingestão alimentar residual (RFI) e temperamento.

Association of mmp-7 -181A>G polymorphism with colorectal cancer and gastric cancer susceptibility: a systematic review and meta-analysis / Associação do polimorfismo mmp-7 -181a>G com câncer colorretal e suscetibilidade ao câncer gástrico: revisão sistemática e metanálise

ABSTRACT Introduction: The matrix metalloproteinase-7 (MMP-7) gene -181A>G polymorphism has been reported to be associated with colorectal cancer (CRC) and gastric cancer (GC) susceptibility, yet the results of these previous results have been inconsistent or controversial. Aim: To elaborate a meta-analysis to assess the association of -181A>G polymorphism of MMP-7 with CRC and GC risk. Methods: Published literature evaluating the association from PubMed, Web of Science, Google Scholar and other databases were retrieved up to April 25, 2018. Pooled odds ratio (OR) and 95% confidence interval (CI) were calculated using random- or fixed-effects model. Results: A total of 19 case-control studies, which included eleven studies on CRC (2,169 CRC cases and 2,346 controls) and eight studies on GC (1,545 GC cases and 2,366 controls) were identified. There was a significant association between MMP-7 -181A>G polymorphism and GC risk under the homozygote model (GG vs. AA: OR=1.672, 95% CI 1.161-2.409, p=0.006) and the recessive model (GG vs. GA+AA: OR=1.672, 95% CI 1.319-2.554, p=0.001), but not with CRC. By subgroup analysis based on ethnicity, an increased risk of CRC and GC was found only among Asians. Conclusions: This meta-analysis suggests that MMP-7 -181A>G polymorphisms is associated with GC risk, but not with CRC. However, our results clearly showed that the MMP-7 -181A>G polymorphism significantly increased the risk of CRC only in Asians.

RESUMO Introdução: O polimorfismo da matriz metaloproteinase-7 (MMP-7) -181A>G tem sido relatado como associado à suscetibilidade dos cânceres colorretal (CRC) e gástrico (GC), mas os resultados desses estudos anteriores foram inconsistentes ou controversos. Objetivo: Elaborar metanálise para avaliar a associação do polimorfismo -181A> G da MMP-7 com o risco de CRC e GC. Métodos: Revisão da literatura publicada avaliando essa associação no PubMed, Web of Science, Google Acadêmico e outras bases de dados até 25 de abril de 2018. Odds ratio (OR) e o intervalo de confiança de 95% (IC) foram calculados usando dados aleatórios ou modelo de efeitos fixos. Resultados: Um total de 19 estudos caso-controle, que incluíram 11 trabalhos sobre CRC (2.169 casos de CCR e 2.346 controles) e oito sobre GC (1.545 casos de GC e 2.366 controles) foram identificados. Houve associação significativa entre o polimorfismo MMP-7 -181A>G e o risco de GC sob o modelo homozigoto (GG vs. AA: OR=1,672, IC 95% 1,161-2,409, p=0,006) e o modelo recessivo (GG vs. GA + AA: OR=1,672, IC 95% 1,319-2,554, p=0,001), mas não com CRC. Por análise de subgrupos com base na etnia, um risco aumentado de CRC e GC foi encontrado apenas entre os asiáticos. Conclusões: Esta metanálise sugere que os polimorfismos MMP-7 -181A>G estão associados ao risco de GC, mas não ao CRC. No entanto, estes resultados mostraram claramente que o polimorfismo MMP-7 -181A>G aumentou significativamente o risco de CRC apenas em asiáticos.

Association of rs2435357 and rs1800858 polymorphisms in ret proto-oncogene with hirschsprung disease: systematic review and meta-analysis / Associação dos polimorfismos rs2435357 e rs1800858 no proto-oncogene ret com doença de hirschsprung: revisão sistemática e metanálise

ABSTRACT Introduction: Many published studies have estimated the association of rs2435357 and rs1800858 polymorphisms in the proto-oncogene rearranged during transfection (RET) gene with Hirschsprung disease (HSCR) risk. However, the results remain inconsistent and controversial. Aim: To perform a meta-analysis get a more accurate estimation of the association of rs2435357 and rs1800858 polymorphisms in the RET proto-oncogene with HSCR risk. Methods: The eligible literatures were searched by PubMed, Google Scholar, EMBASE, and Chinese National Knowledge Infrastructure (CNKI) up to June 30, 2018. Summary odds ratios (ORs) and 95% confidence intervals (CIs) were used to evaluate the susceptibility to HSCR. Results: A total of 20 studies, including ten (1,136 cases 2,420 controls) for rs2435357 and ten (917 cases 1,159 controls) for rs1800858 were included. The overall results indicated that the rs2435357 (allele model: OR=0.230, 95% CI 0.178-0.298, p=0.001; homozygote model: OR=0.079, 95% CI 0.048-0.130, p=0.001; heterozygote model: OR=0.149, 95% CI 0.048-0.130, p=0.001; dominant model: OR=0.132, 95% CI 0.098-0.179, p=0.001; and recessive model: OR=0.239, 95% CI 0.161-0.353, p=0.001) and rs1800858 (allele model: OR=5.594, 95% CI 3.653-8.877, p=0.001; homozygote model: OR=8.453, 95% CI 3.783-18.890, p=0.001; dominant model: OR=3.469, 95% CI 1.881-6.396, p=0.001; and recessive model: OR=6.120, 95% CI 3.608-10.381, p=0.001) polymorphisms were associated with the increased risk of HSCR in overall. Conclusions: The results suggest that the rs2435357 and rs1800858 polymorphisms in the RET proto-oncogene might be associated with HSCR risk.

RESUMO Introdução: Muitos estudos publicados estimaram a associação dos polimorfismos rs2435357 e rs1800858 do proto-oncogene rearranjado durante a transfecção (RET) com o risco de doença por Hirschsprung (HSCR). No entanto, os resultados permanecem inconsistentes e controversos. Objetivo: Realizar metanálise para obter estimativa mais precisa da associação dos polimorfismos rs2435357 e rs1800858 no proto-oncogene RET com risco de HSCR. Método: A literatura elegível foi pesquisada pelo PubMed, Google Scholar, EMBASE e CNKI até 30 de junho de 2018. Resultados: Um total de 20 estudos, incluindo dez (1.136 casos 2.420 controles) para rs2435357 e dez (917 casos 1.159 controles) para rs1800858 foram incluídos. Os resultados globais indicaram que o rs2435357 (modelo alelo: OR=0,230, IC 95% 0,178-0,298, p=0,001; modelo homozigoto: OR=0,079, IC 95% 0,048-0,130, p=0,001; modelo heterozigoto: OR=0,149 , IC 95% 0,048-0,130, p=0,001, modelo dominante: OR=0,132, IC 95% 0,098-0,179, p=0,001 e modelo recessivo: OR=0,239, IC 95% 0,161-0,353, p=0,001) e rs1800858 (modelo alelo: OR=5,594, IC 95% 3,653-8,877, p=0,001; modelo homozigoto: OR=8,453, IC 95% 3,783-18,890, p=0,001; modelo dominante: OR=3,469, IC 95% 1,881- 6,396, p=0,001 e modelo recessivo: OR=6,120, 95% CI 3,608-10,381, p=0,001) polimorfismos foram associados com o aumento do risco de HSCR em geral. Conclusões: Os resultados sugerem que os polimorfismos rs2435357 e rs1800858 no proto-oncogene RET podem estar associados ao HSCR.

Descrição da frequência de variantes genéticas no gene da endoglina em uma população do Nordeste do Brasil / Description of the frequency of genetic variants in the endoglin gene in a population of Northeast Brazil

Introdução: a endoglina (ENG, CD105) é um co-receptor da família transforming growth factor-beta e participa da regulação de processos celulares como proliferação, diferenciação, migração e apoptose. ENG é mais conhecida por sua expressão em células endoteliais, desempenhando papel importante na angiogênese e vasculogênese, porém sua expressão já foi associada a diferentes desfechos patogênicos, inclusive devido a mutações no gene ENG. Objetivos: descrever a frequência de variantes genéticas no gene ENG, comparar com populações ancestrais e analisar as variantes genéticas que possam estar envolvidas em processos patogênicos em outras populações. Metodologia: foi utilizado o banco de dados do programa SCAALA (Social Change Asthma and Allergy in Latin America) para a população do estudo, sendo genotipado 1309 indivíduos usando o chip Illumina 2.5 Human Omni Bead e feitas análises in silico utilizando plataformas on-line. Resultados: as variantes genéticas rs10987746, rs10121110, rs11792480 e rs16930129 apresentaram frequência de menor alelo entre 16 a 48% na população estudada, as quais foram mais reiteradamente próximas do padrão africano que do europeu. Os SNVs foram relacionados aos mecanismos regulatórios genéticos conhecidos, pressupondo que essas variantes não estejam envolvidas diretamente em processos funcionais. Conclusão: são necessárias maiores investigações referentes aos mecanismos funcionais deste gene, visto que a endoglina participa de uma gama de processos celulares importantes e mais esforços devem ser feitos para estudos genéticos na população brasileira, considerando a mistura de populações.

Introduction: the endoglin (ENG, CD105) is a coreceptor of the family transforming growth factor-beta and participates in the regulation of cellular processes such as proliferation, differentiation, migration and apoptosis. ENG She is best known for your expression in endothelial cells, playing an important role in angiogenesis and vasculogenesis, but its expression has already been associated with different pathogenic outcomes, including due to mutations in the ENG gene. Objectives: describe the frequency of genetic variants in the ENG gene in the population of northeastern Brazil, compare with ancestral populations and analyze genetic variants that may be involved in pathogenic processes in other populations. Methodology: we used the SCAALA program database (Social Change Asthma and Allergy in Latin America) for the population of the study, and the DNA of 1309 individuals were genotyped using the Illumina chip 2.5 Human Omni Bead and made in silico analysis. Results: the SNVs rs10987746, rs10121110, rs11792480 and rs16930129 presented lower allele frequency between 16 to 48% in the population studied, which were more consistently next African European standard. The SNVs were related to known genetic regulatory mechanisms assuming that these variants are not directly involved in functional processes. Conclusion: further investigation regarding the functional mechanisms of this gene are necessary, since the endoglin participates in a range of important cellular processes and more efforts should be made for genetic studies in the Brazilian population, considering the mixture of populations.

Association of Ugrp2 gene polymorphisms with adenoid hypertrophy in the pediatric population / Associação de polimorfismos do gene Ugrp2 com hipertrofia de adenoide na população pediátrica

Abstract Introduction: Adenoid hypertrophy is a condition that presents itself as the chronic enlargement of adenoid tissues; it is frequently observed in the pediatric population. The Ugrp2 gene, a member of the secretoglobin superfamily, encodes a low-molecular weight protein that functions in the differentiation of upper airway epithelial cells. However, little is known about the association of Ugrp2 genetic variations with adenoid hypertrophy. Objective: The aim of this study is to investigate the association of single nucleotide polymorphisms in the Ugrp2 gene with adenoid hypertrophy and its related phenotypes. Methods: A total of 219 children, comprising 114 patients suffering from adenoid hypertrophy and 105 healthy patients without adenoid hypertrophy, were enrolled in this study. Genotypes of the Ugrp2 gene were determined by DNA sequencing. Results: We identified four single nucleotide polymorphisms (IVS1-189G>A, IVS1-89T>G, c.201delC, and IVS2-15G>A) in the Ugrp2 gene. Our genotype analysis showed that the Ugrp2 (IVS1-89T>G) TG and (c.201delC) CdelC genotypes and their minor alleles were associated with a considerable increase in the risk of adenoid hypertrophy compared with the controls (p = 0.012, p = 0.009, p = 0.013, and p = 0.037, respectively). Furthermore, Ugrp2 (GTdelCG, GTdelCA) haplotypes were significantly associated with adenoid hypertrophy (four single nucleotide polymorphisms ordered from 5′ to 3′; p = 0.0001). Polymorfism-Polymorfism interaction analysis indicated a strong interaction between combined genotypes of the Ugrp2 gene contributing to adenoid hypertrophy, as well as an increased chance of its diagnosis (p < 0.0001). In addition, diplotypes carrying the mutant Ugrp2 (c.201delC) allele were strongly associated with an increased risk of adenoid hypertrophy with asthma and with allergies (p = 0.003 and p = 0.0007, respectively). Conclusion: Some single nucleotide polymorphisms and their combinations in the Ugrp2 gene are associated with an increased risk of developing adenoid hypertrophy. Therefore, we tried to underline the importance of genetic factors associated with adenoid hypertrophy and its related clinical phenotypes.

Resumo Introdução: A adenoide ou hipertrofia de tonsila faríngea é uma condição que se apresenta como o aumento crônico de tecidos linfoides na rinofaringe e é frequentemente observada na população pediátrica. O gene Ugrp2, um membro da superfamília da secretoglobina, codifica uma proteína de baixo peso molecular que funciona na diferenciação das células epiteliais das vias aéreas superiores. No entanto, pouco se sabe sobre a associação de variações genéticas do Ugrp2 com hipertrofia de tonsila faríngea. Objetivo: Investigar a associação de polimorfismos de nucleotídeos únicos no gene Ugrp2 com hipertrofia de tonsila faríngea e seus fenótipos relacionados. Método: Foram incluídos no estudo 219 crianças, 114 pacientes com hipertrofia de tonsila faríngea e 105 saudáveis. Os genótipos do gene Ugrp2 foram determinados por sequenciamento de DNA. Resultados: Identificamos quatro polimorfismos de nucleotídeo único (IVS1-189G>A, IVS1-89T>G, c.201delC, e IVS2-15G>A) no gene Ugrp2. Nossa análise genotípica mostrou que os genótipos Ugrp2 (IVS1-89T>G) TG e (c.201delC) CdelC e seus alelos menores foram associados a um aumento considerável no risco de HA em comparação com os controles (p = 0,012, p = 0,009, p = 0,013 e p = 0,037, respectivamente). Além disso, os haplótipos Ugrp2 (GTdelCG, GTdelCA) foram significativamente associados com hipertrofia de tonsila faríngea (quatro polimorfismos de nucleot' ordenados de 5' a 3'; p = 0,0001). A análise de interação polimorfismo-polimorfismo indicou uma forte interação entre genótipos combinados do gene Ugrp2 que contribuiu para hipertrofia de tonsila faríngea, bem como uma chance maior de seu diagnóstico (p < 0,0001). Além disso, os diplótipos que transportam o alelo mutante Ugrp2 (c.201delC) foram fortemente associados a um risco aumentado de hipertrofia de tonsila faríngea com asma e com alergias (p = 0,003 e p = 0,0007, respectivamente). Conclusão: Alguns polimorfismos de nucleotídeo único e suas combinações no gene Ugrp2 estão associados a um risco aumentado de desenvolver hipertrofia de tonsila faríngea. Portanto, tentamos enfatizar a importância dos fatores genéticos e fenótipos clínicos associados a essa hipertrofia.